Bygningens struktur orienterer sig vinkelret på floden og henleder tankerne på de oprindelige Hansestads-pakhuse med de karakteristiske gavle. Max Planck Instituttet har således karakter af to pakhuse, der - beklædt med nordisk sandsten - lader lyset definere de fælles indre gaderum ud af de præcise, massive voluminer.
Det centrale rum har lette, transparente facader såvel mod byen som mod floden. De forskudte gavle danner en karakteristisk profil mod floden, der sammen med det åbne centralrum udtrykker bygningens sociale rum, mens kontorerne har et mere nøgternt udtryk. De tre konferencerum er placeret i et selvstændigt volumen, der skaber en arkitektonisk accent - et bymæssigt fikspunkt på flodbredden.